Era il 13 maggio del 1981, quando Ali Agca sparava due colpi di pistola contro Giovanni Paolo II in piazza San Pietro, all'inizio di un'udienza generale. Il Papa stava percorrendo la piazza salutando i fedeli sull'auto scoperta quando venne raggiunto dai due colpi e rimase gravemente ferito. Fu sottoposto a un difficile intervento chirurgico che durò più di 5 ore.
Alla fine il Papa superò la prova, anche se ebbe ricadute gravi e subì nuovi interventi operatori, quindi successivamente incontrò personalmente il suo attentatore in carcere dove ebbe un colloquio con lui di circa 10 minuti. Giovanni Paolo II ha attribuito il fatto di essere sopravvissuto all'intercessione della Madonna di Fatima che ricorre proprio il 13 maggio.
L'intervento della Vergine, secondo Wojtyla, avrebbe evitato che i colpi esplosi da Agca si rivelassero mortali. Nel 2000, poi, l'allora cardinale Joseph Ratzinger, prefetto della Congregazione per la dottrina della fede, insieme a quello che era il suo braccio destro, monsignor Tarcisio Bertone, rivelò il testo del terzo segreto di Fatima cosi' come era stato trasmesso dalla veggente suor Lucia, la terza dei tre pastorelli che assistettero alle apparizioni mariane e l'unica sopravvissuta a lungo. Nel testo della rivelazione si parlava di attentati contro la Chiesa e di un vescovo colpito da armi da fuoco, una visione che, in qualche modo, avvaloro' il pensiero del Pontefice polacco.
Sul fronte delle indagini, la pista principale è quella che farebbe risalire l'attentato di Agca ai servizi dell'Europa dell'est, ancora sotto il dominio di Mosca, che vedevano nel Papa venuto da oriente un pericolo nella battaglia fra i due blocchi, il sistema del socialismo reale e l'occidente. I documenti fin qui emersi, anche negli archivi degli ex Paesi comunisti, sembrerebbero avvalorare questa ipotesi.
La vicenda di Agca , poi, si è incrociata con altri casi famosi, il più importante di tutti è quello del rapimento e della scomparsa di Emanuela Orlandi - il 22 giugno del 1983 - che ha avuto ripercussioni ancora recentissime. Resta l'incognita della richiesta di liberazione di Agca da parte di presunti rapitori in cambio della liberazione della ragazza. Anche se, va ricordato, il rapimento Orlandi si inscrive, secondo le indagini della magistratura, anche in altre vicende come quelle relative alle inchieste sulla banda della Magliana.
Di recente, infine, alcune inchieste giornalistiche hanno ipotizzato un filone islamico nell'attentato al Papa e tuttavia i Lupi Grigi - il gruppo turco ci apparteneva Agca - all'epoca dei fatti, era connotato in senso nazionalista e con una tendenza politica di estrema destra; al contrario, il conflitto interreligioso, nei primi anni '80, non compariva ancora nell'agenda politica del mondo e l'estremismo terroristico di matrice religiosa era di là da venire.
