Giovanni di Dio merita di essere ricordato non solo per la santità, ma anche per le intuizioni straordinarie che ha avuto circa la sanità. Organizza per primo i suoi ospedali per reparti, secondo le varie malattie, ad ogni malato dà un letto pulito e un'assistenza personalizzata, che non limitata alla somministrazione dei farmaci, ma per stabilire con ognuno un rapporto umano. Ancora più rivoluzionaria è la sua opera con i malati di mente. Questi allora erano considerati degli indemoniati e venivano spesso incatenati e puniti.
