Emersi nel 2006 dopo la sconfitta dell'Unione delle Corti Islamiche da parte del Governo Federale di Transizione, gli al-Shabab, "i Giovani", rappresentano il gruppo islamico più potente e attivo in Somalia. Dal 2012 sono formalmente riconosciuti come cellula locale di al-Qaeda e sono inseriti nella lista delle organizzazioni terroristiche di numerosi governi e servizi di sicurezza occidentali. Tra gli obiettivi del gruppo, quello di instaurare nel Paese la Sharia, la legge islamica, nella rigida applicazione wahhabita. Espulso da Mogadiscio nell'agosto 2011 e dal porto di Kismayo nel settembre 2012, il movimento islamico controlla ancora gran parte delle zone rurali nel sud del Paese, dove le donne accusate di adulterio vengono lapidate e ai ladri sono amputate le mani.
La sua forza è stimata in settemila-novemila uomini, con un netto calo rispetto ai 14.426 guerriglieri stimati nel maggio del 2011. Il calo di miliziani è dovuto sia a screzi interni tra leader somali e la leadership centrale di al-Qaeda, sia all'azione del governo di transizione che dal 2012, grazie al sostegno della comunità internazionale, è riuscito ad agire con forza contro gli estremisti islamici.
Il leader degli al-Shabab è attualmente Ahmed Abdi Godane. Noto con il nome di battaglia di Mukhtar Abu Zubair, è originario di Somaliland e ha preso il posto di Moalim Aden Hashi Ayro, ucciso nel 2008 in un raid aereo Usa. Nel febbraio 2012 Godane ha rilasciato un video nel quale ha ''promesso di obbedire'' al leader di al-Qaeda Ayman al-Zawahiri. Gli Usa temono che combattenti di al-Qaeda ritiratisi dall'Afghanistan e dal Pakistan dopo l'uccisione di Osama Bin Laden si siano ora trasferiti in Somalia.
Oltre all'applicazione della sharia, un altro obiettivo chiave della missione degli al-Shabab è l'espulsione dalla Somalia dei soldati stranieri, in primis quelli etiopi e kenyoti. Ed è proprio contro il Kenya, responsabile di aver mandato propri militari a combattere il gruppo in Somalia, che si sono scatenate le peggiori azioni all'estero dei miliziani somali, compreso l'attentato del 1996 contro l'ambasciata Usa a Nairobi e nel 2002 contro obiettivi israeliani attorno a Mombasa. Nel 2011, gli al-Shabab hanno invece condotto vari attacchi e rapimenti al confine con il Kenya, mentre il più sanguinoso resta l'assalto al centro commerciale Westgate a Nairobi nel settembre del 2013 costato la vita a 68 persone.
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